Para Darwin, ya no había duda. Inmediatamente desarrolló su teoría: La selección natural, en biología, es un proceso por el cual los efectos ambientales (falta de recursos, cambios geológicos, llegada de nuevas especies…) conducen a un grado variable de éxito reproductivo entre los individuos de una población de organismos con características, o rasgos, diferentes y heredables.
Esta era la causa de la variación de las especies en función de los climas y los recursos de cada lugar. Darwin argumenta que todos los seres vivos tienen una ascendencia común y las diferentes variedades y especies que se observan en la naturaleza son el resultado de la acción de la selección natural en el tiempo. La explicación propuesta por Darwin del origen de las especies y del mecanismo de la selección natural a la luz de los conocimientos científicos de la época, constituye un gran paso en la coherencia del conocimiento del mundo vivo y de las ideas evolucionistas presentes con anterioridad. Integra armoniosamente los avances contemporaneos en paleontología y geología; y sienta las bases que cerrarán el debate frente a las tesis alternativas de tipo fijista/creacionista como el catastrofismo de Georges Cuvier.
Darwin dedicó los siguientes años al desarrollo de su teoría evolucionista. Hubiera podido publicar antes, pero las dudas, el miedo a la polémica y su mala salud retrasaron la publicación, a pesar del apoyo constante que recibió de Huxley, Lyell, Hooker y su esposa Emma Wedgwood, con la cual había contraído matrimonio en 1839.
En 1858 recibió una carta de su compatriota Alfred Russel Wallace, el cual había desarrollado de un modo independiente la misma teoría que Darwin. Para evitar la polémica, decidieron publicar conjuntamente un artículo en la Sociedad Linneana titulado Sobre la tendencia de las especies a crear variedades; y sobre la perpetuación de las variedades y de las especies por medio de la selección natural.
El trabajo de Darwin tuvo una influencia decisiva sobre las diferentes disciplinas científicas, y sobre el pensamiento moderno en general. Recogió su teoría en su libro El origen de las especies, publicado el 24 de noviembre de 1859 y que se agotó el primer día en que salió a la venta. En 1871 publicó El origen del hombre, donde defendía la teoría de la evolución del hombre desde un animal similar al mono, lo que provocó gran controversia religiosa.
Otras de sus obras fueron: La variación de los animales y de las plantas bajo la acción de la domesticación (1868), La descendencia humana y la selección sexual (1871), y La expresión de las emociones en el hombre y en los animales (1872). Eran exposiciones detalladas sobre temas que sólo disfrutaban de un pequeño espacio en el Origen de las especies.
Darwin fue escogido miembro de la Royal Society (1839) y de la Academia Francesa de las Ciencias (1878).
Cuando estuve a bordo del Beagle, como naturalista, me llamó mucho la atención la distribución de los habitantes de sudámerica y las relaciones geológicas del presente con los habitantes del pasado en esa parte del continente. Me dio la impresión de que estos hechos aclaraban el origen de las especies, ese misterio de misterios, como lo llamó uno de nuestros más grandes filósofos.
Charles Darwin, El origen de las especies, 1859
El caso de los pinzones de Darwin
Esta es una de las observaciones más famosas de Darwin. A su llegada a las islas Galápagos, Darwin advirtió que había una serie de aves que, pese a tener diferencias, también tenían características comunes. Estas especies eran: el pinzón picamaderos, el pinzón curruca, el pinzón arborícola, el pinzón terrestre, el pinzón vampiro y el pinzón mosquitero. Todos ellos provenían de una misma especie, una especie de pinzón granívoro ancestral, que al propagarse a las islas desde Sudamérica se había adaptado en cada una de ellas a ocupar distintos nichos ecológicos vacantes. De esta forma a partir de una especie se habían formado siete, y esto debido a las diferentes oportunidades y exigencias que habían encontrado en cada uno de los nuevos ambientes a los que el pinzón ancestral había tenido que adaptarse.
Críticas a la teoría de Darwin
Caricatura de Darwin como un simio en la revista Hornet. Se puede observar que lo representaban con características propias de la rama de los simios como el mentón, las cejas y la forma de su cabeza, como forma de burla a su observación de la evolución del simio al hombre actual.
Después de la publicación del libro de Darwin, la evolución y la selección natural fueron ampliamente discutidas por las comunidades científicas y religiosas. Las ideas de Darwin eran apoyadas por la mayoría de los científicos, siendo su mayor defensor Thomas Henry Huxley, "el Bulldog de Darwin".
Otros consideraban la teoría como incompleta por no presentar ningún mecanismo capaz de transmitir la herencia en los seres vivos. Aunque Gregor Mendel había estudiado las leyes de la herencia en 1865, sus teorías permanecieron desconocidas -incluso por Darwin- hasta el siglo XX.
Otro de los problemas a los que se enfrentó la teoría de Darwin era la imposibilidad de conocer la edad de la Tierra. Según los estudios de Lord Kelvin, que resultaron equivocados, la edad de la Tierra era demasiado pequeña para albergar en su historia el largo proceso evolutivo necesario por las especies naturales. Así, Kelvin afirmó que sólo mediante el diseño inteligente se podía haber alcanzado la gran diversidad biológica actual. Las ideas de Kelvin chocaban con la datación de la Tierra propuesta por los geólogos con base en los primeros estudios sobre la edad de diferentes tipos de rocas, y la cuestión de la edad de la Tierra era un tema de actualidad científica que sólo sería resuelto tras el descubrimiento de la radiactividad por Becquerel.
En 1875 el teólogo Charles Hodge acusó a Darwin de negar la existencia de Dios al definir a los humanos como el resultado de un proceso natural en lugar de una creación diseñada por Dios.
Hoy en día, aunque una mayoría abrumadora de biólogos consideran las ideas básicas de la teoría de Darwin como correctas siguen existiendo algunos lugares en los que el debate religioso-científico se mantiene, como en Estados Unidos y en algunos lugares de Australia. El creacionismo ha cambiado de estrategia y ahora se llama diseño inteligente. Aunque carece de la objetividad de la ciencia, está dando una dura batalla en los sectores conservadores de los Estados Unidos para ser aceptado en la curricula escolar.
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